病原菌丝洁白、绢丝状，从中心向四周辐射状扩展。菌丝有横隔，分枝常呈直角，分枝基部略缢缩。 菌核大多圆形，直径为0.9～1.3mm。2～3个或多个菌核能互相联接在一起。菌核表生，球形或椭圆形，平滑而有光泽如油菜籽，由白色变黄褐色。内部白色，构成细胞多角形，表面的细胞色深而小。菌核萌发时其周围长出辐射状白色菌丝体。 病原菌在自然条件下不易产生担子。

黄芩白绢病为黄芩地下部主要病害，病菌主要为害主根。发病初期地上部叶片正常，根部出现褐色病斑，病斑上长有灰白色菌丝体，并黏结土粒覆盖在病斑上，随着病程的发展主根腐烂，局部组织变绿，地上部开始萎蔫，叶片出现褐色斑点呈叶枯症状。后期主根皮层全部腐烂，仅保留部分纤维状物及黑褐色木质芯，根周围及土壤中产生许多褐色粒状菌核。